Naruto Uzumaki: es el protagonista de la historia, un joven ninja que alberga en su interior al demonio Kyūbi y que desea llegar a Hokage de su aldea para demostrar a todos su poder y valentía. Sus compañeros de grupo, al inicio de la historia, son Sasuke, Sakura y su maestro Kakashi. Con el avance de la narración, este grupo cambia cuando Sasuke decide abandonar la aldea para llevar a cabo su venganza personal. Naruto se convierte luego en aprendiz de Jiraiya.
Sasuke Uchiha: es miembro del clan Uchiha, un chico serio y muy dotado para las artes ninja. Su objetivo es hacerse lo suficientemente fuerte como para derrotar a su hermano mayor Itachi, que asesinó a todos los demás de su clan. Acaba abandonando la aldea para entrenar con Orochimaru.
Sakura Haruno: es la única chica del equipo. Inicialmente está enamorada de Sasuke y desprecia a Naruto. Al avanzar la historia ve que Sasuke no tiene ningún interés en ella y empieza a apreciar a Naruto. Se convierte en aprendiz de Tsunade y aprende técnicas de medicina ninja.
Kakashi Hatake: el primer maestro del equipo de Naruto, Sasuke y Sakura, un ninja severo y amante de las novelas para adultos que se preocupa mucho por el trabajo en equipo. Posee un sharingan en su ojo izquierdo conseguido de un miembro del clan Uchiha que era amigo suyo y se lo dio en una situación desesperada. Con este ojo ha copiado muchas técnicas de otros ninjas, lo que le ha valido el apodo de Ninja copia.